Thinking more...

Cygwin 要裝些什麼可以參考這篇：CodeProject 上的文章：Building Mono on Windows: the final battle.
不過 Mono 可以直接用官方提供的，不需要自己 build。

首先進 Cygwin shell，設定 PATH 與 PKG_CONFIG_PATH，讓 Cygwin 能找到 Mono：

export PATH=/cygdrive/c/Progra~1/Mono-1.9.1/bin:$PATH
export PKG_CONFIG_PATH=/usr/lib/pkgconfig/:/usr/local/lib/pkgconfig/:/cygdrive/c/Progra~1/Mono-1.9.1/lib/pkgconfig

再把 Mono 目錄下的 pkg-config 更名，因為這個版本的 pkg-config 太舊。

接著要 build Mono-Addin-0.3.1，這簡單，很快就 build 過了。(./configure && make && make install )

再來就麻煩了，1.0 無法 build，它會要求裝 monodoc, gtksourceview-sharp-2.0.0；monodoc 其實已經有了，但卻沒有給 pkg-config 用的 .pc 檔，所以補上一個自製的 monodoc.pc。接著，gtksourceview-sharp 則需要裝 gnome-sharp、gtk-sharp 與實體的 gtk+、gnome 函式庫，所以我放棄 1.0，改用 1.9。1.9 是比較順利了，順利的原因是，MonoDevelop team 本來就有打算要出 Windows 版本，只是能不能用還在未知之數。

在 build 的過程中，發現 gmcs 無法載入 Mono.Addin.Setup assembly 的問題，這是由於 gacutil 跟 Cygwin 相處的不太好，gacutil 收的 path separator 是反斜線 '\'，但 Cygwin 只能給 '/'，所以安裝 Mono.Addin 時，並沒有依照 Makefile 的指定，將 .dll 註冊到 gac 所以在編譯(make)、安裝(make install)後，你必須要手動將 .dll 註冊到 gac 裡：

cd bin;find . -name '*.dll' -exec gacutil -i {} \;

接著，MonoDevelop 就 build 成功了。不過，MonoDevelop 還是不能執行 :-( MonoDevelop.Core.Gui.Services 這邊會丟出例外。