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git 沒辦法加空目錄，沒有任何選項可以用。Stackoverflow (How do I add an empty directory to a Git repository? - Stack Overflow) 上提到的變通方法就是為這些空目錄添加一個空白的檔案，檔名看是要用 .gitignore 或是 README 之類的就可以。
那要找所有空目錄的話，該怎麼找？find 就可以做到這點 (參考 bash - finding empty directories unix - Stack Overflow) ：

find . -type d -empty -print

那麼，要為每個空目錄加上空白檔案的話，再利用 -exec 參數就可以了：

find . -type d -empty -exec touch {}/README \;