Thinking more...

老實說，這還真令人困擾，還好官方有說明如何得到更詳細的除錯資訊：Troubleshooting :: Castle Project。
基本上，就是加上一些設定，於是NHibernate 能根據這份設定以及內部有用到的 log4net library把一些訊息丟到 log 裡面去。
靠著產出出來的 log，終於找到問題。