Thinking more...

其實只要在 Machine.config (也就是 xxx.exe.config) 裡面指定就可以了.
範例如下:
<configuration>
  <system.net>
    <defaultProxy>
    <proxy
      proxyaddress = "http://proxyserver:80"
      bypassonlocal = "true"
    />
    </defaultProxy>
  </system.net>
</configuration>

此方法, .Net 與 mono 均適用.

參考資料:
*dotnetJiNi.com - Blogs @ Jignesh Desai